本发明涉及医药和食品技术领域，是一种新资源保健药物或食品添加剂的肠溶微囊及其制备方法和应用，尤其涉及叶黄素酯肠溶微囊及其制备方法和应用。本发明主要通过单凝聚法制备肠溶微囊，该肠溶微囊具有良好的对光热稳定性和缓释性。大鼠药物动力学实验证明，叶黄素酯肠溶微囊可以防止叶黄素酯在胃内失活或减少对胃的刺激，并且有良好的缓释特性，有更高的生物利用度。